Für die „Euthanasie“ gab es keinerlei gesetzliche Grundlagen. Trotzdem war der Widerstand dagegen sehr schwach. Nur Eltern und Verwandte von Betroffen und Betroffene selbst erhoben teilweise schwere Vorwürfe. Diese versandeten jedoch allesamt im Getriebe der Bürokratie. Strafanzeigen von Eltern wurden von den Staatsanwaltschaften systematisch unterdrückt.
Als einziger deutscher Richter prangerte Lothar Kreyssig aus Brandenburg an der Havel die Euthanasiemorde an. Als Vormundschaftsrichter hatte er bemerkt, dass sich nach einer Verlegung Nachrichten über den Tod seiner behinderten Mündel häuften. Im Juli 1940 meldete er seinen Verdacht, dass die Kranken massenhaft ermordet würden, dem Reichsjustizminister Franz Gürtner. Nachdem ihm mitgeteilt worden war, dass die Mord-Aktion in Verantwortung der Kanzlei des Führers ausgeführt werde, erstattete Kreyssig gegen Reichsleiter Philipp Bouhler Anzeige wegen Mordes. Den Anstalten, in denen Mündel von ihm untergebracht waren, untersagte er strikt, diese ohne seine Zustimmung zu verlegen. Kreyssig, der damit gerechnet hatte, sofort verhaftet zu werden, wurde lediglich in den Ruhestand versetzt.
Die Menschen, die in der Nähe der Anstalten wohnten, bekamen jedoch genügend mit von den dortigen Vorgängen. Selbst Kinder sprachen untereinander „…sonst kommst Du in den Ofen…“.
Auch die Kirchen und einige wenige einige Juristen versuchten, dem tödlichen Treiben Einhalt zu gebieten. Nachdem im September 1939 die Meldebogenaktion zur Erfassung der Geisteskranken begonnen hatte und die Absichten offensichtlich wurden, starteten z.B. der Freiburger Erzbischof Gräber, der Breslauer Erzbischof Kardinal Bertram Proteste in Form von Schriften an Minister, öffentlichen Verurteilungen (z.B. auf der Konferenz der deutschen Bischöfe 1940) und die Bildung der Kommission des „Deutschen Caritasverbandes“ gegen die „Euthanasie“.
Von katholischer Seite protestierten der quasi amtsenthobene Bischof der Diözese Rottenburg Joannes Baptista Sproll, der Bischof von Münster, Clemens August Graf von Galen, der Bischof von Berlin, Konrad Graf von Preysing, der Dompropst von Berlin, Bernhard Lichtenberg, der Kapitularvikar von Paderborn, Weihbischof Augustinus Philipp Baumann und der Bischof von Limburg, Antonius Hilfrich sowie von evangelischer Seite Paul Gerhard Braune, Theophil Wurm und Friedrich von Bodelschwingh, Bielefeld, aber auch einige Heimleiter und Mitarbeiter der Heime, in denen die Opfer lebten.
Je länger die Massenmorde durchgeführt wurden, um so weniger konnten sie geheim gehalten werden. Die Unruhe in der Bevölkerung wuchs, der Einspruch der Kirche wurde immer stärker. Da Teile der Kirche nun doch ihre Opposition gegenüber der „Euthanasie“ demonstrierten, sah sich Hitler veranlasst, den Befehl zur Einstellung der Aktion zu geben. Scheinbar war ein Sieg errungen. Doch es war nur ein vermeintlicher Sieg, denn das Töten ging inoffiziell weiter.
Einige Menschen bezahlten ihren Widerstand gegen die „Euthanasie“ mit dem Tode.