Im Oktober 1940 wurde auf Initiative des Pädiaters Werner Catel (Ordinarius für Kinderheilkunde an der Universitätskinderklinik/Städtisches Kinderkrankenhaus Leipzig) im Rahmen der nationalsozialistischen Kindereuthanasieverbrechen eine kinderpsychiatrische Abteilung neu gegründet. In dieser vom Arzt Arthur Mittag geleiteten Abteilung sind zwischen November 1940 und 7. Dezember 1943 (dem Tag der Verlegung der Kinderfachabteilung in die Landesanstalt Großschweidnitz bei Löbau) 551 Kinder und Jugendliche im Rahmen der nationalsozialistischen Aktion T4 getötet worden.

Während des Zweiten Weltkrieges wurden viele Leipziger Krankenhäuser zerstört.  Verschiedene Abteilungen anderer Krankenhäuser, wurden nach Dösen verlegt, unter anderem Teile von verschiedenen Universitätskliniken im Rahmen der sogenannten Aktion Brandt, darunter Teile der Universitätskinderklinik, so deren Infektionsstation und Kinderfachabteilung unter Leitung von Hans-Joachim Hartenstein. In den Jahren 1934 bis 1939 wurden in Dösen 583 Patienten zwangssterilisiert.

Erstmals wurde eine Stolperschwelle für Opfer der NS-Diktatur in Dösen das Pflaster gebracht.