1934 wurde Dr. Wilhelm Einsle Leiter der Heil- und Pflegeanstalt Erlangen. Die "Hupfla" wurde im dritten Reich im Rahmen der Aktion T4 in eine Zwischenstation umgewandelt.

Erlanmgen war Sitz des Erbgesundheitsgerichts für große Teile Mittelfrankens. Es behandelte zwischen 1934 und 1945 über 3500 Anträge auf „Unfruchtbarmachung“. Wurden zusätzliche Gutachten zu einzelnen PatientInnen nötig, erstellten diese Ärzte der Psychiatrischen Universitätsklinik. An der Frauenklinik wurden unter ihrem Leiter Dr. Hermann Wintz und Oberarzt Dr. Rudolf Dyroff bis 1945 mindestens 500 Zwangssterilisationen durchgeführt, darunter ca. 100
an Insassinnen der Heil- und Pflegeanstalt. Die jüngste Frau war gerade 13 Jahre alt.

Im Vorfeld der Aktion T4 wurden am 16.9.1940 21 jüdische PatientInnen aus Erlangen mit einem Transport nach Eglfing-Haar verlegt. Das Personal hatte sich geweigert, weiterhin jüdische PatientInnen zu versorgen. Vermutlich wurden sie von dort nach Hartheim deportiert, wo sie getötet wurden. Im Zuge der Aktion T4 wurden zwischen 1.11.1940 und 24.6.1941 insgesamt 908 PatientInnen aus Erlangen mit sieben Transporten in die Tötungsanstalten Pirna/Sonnenstein und Hartheim verlegt. Die Transporte erfolgten unter den Augen der Bevölkerung in den grauen Bussen, die ihren Weg mitten durch die Innenstadt nahmen.

In Erlangen gab es keine eigene Kinderfachabteilung. Allerdings ist bekannt, dass die Universitäts-Kinderklinik unter ihrem Leiter Dr. Albert Viethen und der Oberärztin Dr. Häußlein mindestens 13 Kinder in die Kinderfachabteilung Ansbach überstellte.

Infolge des Hungerkosterlasses vom 30.11.1942 wurden auch in Erlangen zwei Hungerstationen eingerichtet. Die erneute Selektion in „erwünschte“ und „unerwünschte“ PatientInnen wurde durch die Ärzte der Anstalt durchgeführt, ebenso wie die Berechnung der unterschiedlichen Kost. Ab 1943 stiegen die Todeszahlen sprunghaft an. Zwischen 1943 und 1945 starben ca. 1.500 Menschen, das ist das 5-fache der früheren Sterberate der Anstalt.

Mit dem Ende des Krieges wurde Dr. Einsle von der Militärregierung entlassen. Der stellvertretende Direktor
Dr. Müller verübte Selbstmord. 1948 gab es ein Verfahren vor dem Schwurgericht gegen Einsle und einen weiteren Arzt wegen „Teilhabe an T4 und Mord durch Hungerkost“ – ohne Erfolg – die Angeklagten wurden freigesprochen, das 1949 eingeleitetes Ermittlungsverfahren wurde eingestellt.