Unter den Auswirkungen des Nationalsozialismus und des 2. Weltkrieges hat auch die Heil- und Pflegeanstalt Königslutter gelitten. Zwar war die Heil- und Pflegeanstalt keine Tötungsanstalt, sie war jedoch Zwischenstation für Transporte der T4-Aktion. Es ist davon auszugehen, dass hier im Rahmen der von Hitler angeordneten Euthanasiemaßnahmen wohl auch getötet wurde. Gegen Ende des 2. Weltkrieges waren in der Heil- und Pflegeanstalt Königslutter neben den verbliebenen Patienten ein Reservelazarett sowie ein Hilfskrankenhaus untergebracht, was die Lebensverhältnisse der Patienten weiter verschlechterte.